Marina Gay dijo:

En el Mass Spectrometry MIAPE document:

- En el peak list generation no aparece como campo el software con el que lo generas.

- Además tengo una duda, el análisis los espectros después de ser adquiridos es un campo de MS MIAPE o de MSI MIAPE? Por lo que contaste el lunes creo que tiene que ir en MS, pero como no aparece el campo del software usado tengo mis dudas.

Desde CIMA con amor

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Esperamos que vosotros podais ver nuestros comentarios.

La aplicacion de los MIAPEs nos parece muy pesada, los documentos estan bien, pero casi prefeririamos una tabla normal en la que ir modificando los parametros sin necesidad de ir cambiando de pagina web en cada paso.

En el apartado 3.1.2.1.1, pensamos que seria mas util indicar las concentraciones en lugar de los volumenes utilizados de cada reactivo.

No hay MIAPE para MALDI-TOF???

Joaquín Abián dijo:

Los principales comentarios sobre el formulario:

• El formato de relleno está muy fragmentado, demasiados links. Es fácil perderse dentro del árbol ya que no se tiene una vision global del conjunto. Además esa fragmentacion hace que por ejemplo para cambiar la molaridad de un disolvente en una MIAPE de 2d ya hecha, como mínimo hay que hundirse hasta 4-5 niveles (links) desde la hoja de partida. Esto debería ser inmediato.

Y hace el proceso lentísimo.

El formato debería ser más compacto o lineal (Una "form" única para cada MIAPE que puedas ver el documento completo sin tener que ir clickeando continuamente. De hecho el report final sí que contiene toda la informacion en una hoja. ¡No puede ser así tambien la FORM de entrada?.

Además, el formato actual hace difícil la automatización de la entrada de datos por los laboratorios con scripts de usuario que hagan de interfase entre la web y los documentos propios.

Sin embargo, los formularios sugeridos por el PSI para las MIAPES son "lineales", en realidad hojas excel mucho mas fáciles de rellenar. Nosotros estabamos trabajando con el formulario de PSI y es mucho más rapido y efectivo que el formato actual. Además, era posible automatizar la creación de documentos tanto de entrada y de salida con VBA y Perl o Python.

Una solución alternativa es que pudiera subirse la informacion en formato XML (ahora sólo se puede bajar) de forma que sería posible rellenar la documentación off-line con las herramientas propias del laboratorio y luego mediante un script meterlo en formato XML proteored y subirlo automaticamente al servidor...

Creo que en la reunion del WG4 ya se habían sugerido algunas de estas soluciones (como la utilidad del formato excel) pero yo insisto.

Bueno hay otros problemas difíciles de explicar que son evidentes cuando te pones con las manos en la masa a meter datos, por ejemplo:

• puedes poner en un mismo formulario varias muestras con varios métodos pero no hay forma de decir que método corresponde a cada muestra y no hay ningún criterio para rellenarlo, así que cada laboratorio entenderáuna cosa diferente. Creo que este problema también existe en el formulario de PSI.

• hay "idas" y "venidas" en el formulario poco lógicas (resultado de la fragmentación que te comentaba anteriormente) e innecesarias que podrian eliminarse, etc.

Marina Gay dijo:

A mi me ha resultado muy difícil entender como tenía que ir rellenando los campos, además cuando estás dentro de uno de ellos pierdes la perspectiva y ya no sabes dónde estás ni cuanto te queda por rellenar.
Creo que sería muchísimo más útil que no hubiera tanto desplegable!

En cuanto a contenidos, de momento por lo que he podido ver, me parecen correctos.

Los campos de nuestra miapes que están en blanco es porque no los conocemos y los xxxxx es para poder imprimir el report y que aparezca el campo. De esta manera podemos rellenar delante de los equipos lo que nos falta y no sabíamos de memoria (es una manera de tener la prespectiva que te decía que he echado en falta). Por el momento estamos intentando crear las plantillas y hemos empezado por los no informatics pero es sólo porque es el sentido lógico.

Desde el CNB se dijo:

En el CNB han notado que al ir metiendo la información en el documento MIAPE MS falta información, según ellos CRÍTICA, para que un experimento de espectrometría de masas sea reproducible. La información a la que se refieren es básicamente al método de adquisición, es decir, en el caso de trampa iónica, el MIAPE NO pide cosas como:
Unattended data-dependent acquisition mode:

• Enhanced mode

• Range: 300-2000 m/z

• Nº scans

• Selected precursor ions for MS/MS:

• ultrascan mode

• range 100-2200 m/z

• automated gain control: 500.000

• max. accumulation time: 150 ms

Del mismo modo en el caso de MALDI, tampoco se piden este tipo de cosas, aunque sean otras. Yo no entiendo de estos entresijos, pero me parece que lleva razón, ya que el método de adquisición no te lo piden en ningún lado, al menos en detalle. Es cierto que se pide el “parameters file” del Control and analysis software (punto 1.2), que tal vez tenga esa información, pero creemos que es bastante importante para que se pida en detalle en el documento.
¿Qué pensáis vosotros? ¿Habíais pensado en ello?