miércoles, abril 02, 2008

¿Es viable la iniciativa de la incorporación de la generación de MIAPEs en la rutina de los laboratorios de ProteoRed?

Viendo las estadísticas, que de nuevo he colgado en la web en “ProteoRed Library\HUPO-PSI\MIAPE Evaluation\” o directamente aquí, la principal conclusión que se podría sacar respecto a la viabilidad de esta iniciativa en nuestra red es que parece que al menos por ahora, NO es del todo viable. Pero esta respuesta puede tener varios matices, que me gustaría que matizarais (valga la redundancia). Por ejemplo:
¿Es viable?:

  • No, aunque sí creo que es útil en determinados casos en los que el cliente requiere publicar el experimento y le van a pedir los datos de los MIAPEs en la revista. Hasta que no me lo pida, no crearé los MIAPEs correspondientes.
  • No, porque la herramienta supone un trabajo extra que no estamos dispuestos a hacer…¿por qué? Por falta de tiempo, de recursos humanos, la herramienta aún no es del todo funcional ¿por qué?...
  • No, ya que, en nuestro caso, no lo vemos útil ¿por qué?
  • Sí, lo incorporaremos en breve… sólo falta que…o estaría bien que…

Me gustaría que me respondieseis a esta pregunta sobre la viabilidad de incorporar los MIAPEs de la forma más explicativa posible, ya que presentaremos en el PSI las conclusiones de todo esto.

Como sabéis, en ProteoRed la incorporación de los estándares internacionales es una apuesta clara que hemos hecho por mejorar la calidad de nuestros servicios. Es cierto que quizás no están del todo desarrollados, o al menos, no existen aún las herramientas necesarias en los software comerciales para generar estos estándares. Sin embargo, los laboratorios pertenecientes a ProteoRed no nos debemos preguntar SI DEBEMOS O NO integrar en nuestros laboratorios estos estándares (en este caso, con respecto a la generación de los informes, los MIAPEs), si no que nos debemos preguntar CUÁNDO los vamos a integrar. Luego, habría que pensar si se debería cobrar más o no, ya que la calidad del servicio aumenta, etc, etc. Muchos pensaréis que ya tenéis bastante trabajo con los análisis que hacéis y que no tenéis tiempo para hacer MIAPEs y demás. Sin embargo, tal vez haya que ir cambiando la perspectiva y pensar que realmente un experimento que lleve “el sello de ProteoRed” no está terminado hasta que no se termina el informe con las directrices MIAPEs, es decir, habría que cambiar la mentalidad y pensar que eso no es un añadido, ya que si pertenecemos a ProteoRed, debemos dar un plus de calidad. Se hacen menos experimentos, de acuerdo, pero serán de mejor calidad. En este caso, se trata de los MIAPEs, pero es extensible a cualquier otra estandarización que podamos incorporar y que incremente la calidad de nuestros resultados.

Simplemente quería comentaros esto, ya que creo que es una reflexión que deberíamos hacer todos en ProteoRed. Por supuesto, cualquier tipo de comentario será bienvenido.

9 Comments:

  • Hola, mi opinión personal es la primera opción, es decir:

    No, aunque sí creo que es útil en determinados casos en los que el cliente requiere publicar el experimento y le van a pedir los datos de los MIAPEs en la revista. Hasta que no me lo pida, no crearé los MIAPEs correspondientes.

    La razón principal es que el formato actual, aunque está bien para discutir los posibles elementos que se deben incorporar o no al informe final conteniendo todos los datos, da un trabajo que es innecesario. Como ya he comentado en alguna ocasión, todas las cuestiones que se preguntan pueden consultarse fácilmente, al menos en el caso de las trampas de Bruker. Incluso dan la posibilidad de imprimirlas, en un formato informe , para todo aquel usuario que lo desee.
    En mi opinión, el flujo de trabajo deberia ser:
    laboratorios de proteomica ------- HUPO-PSI (MIAPE) ---------- fabricantes de equipos, de tal manera que estos últimos incorporaran en sus respectivos softwares una opción que facilita, apretando una tecla, aquellos parámetros que en estas reuniones y congresos hayan sido establecidos como importantes. Espero sinceramente ver ese día.

    By Anonymous Alberto Paradela, at lunes, 7 de abril de 2008, 19:36:00 CEST  

  • En cuanto a los documentos MIAPE, nosotros no hemos empezado a trabajar con ellos por motivos varios (fundamentalmente falta de tiempo), pero prometemos empezar a hacerlo en las próximas semanas.
    En nuestro caso, el volumen de trabajo principal serán los Mass Spectrometry MIAPE documents, tanto de MALDI como de LC-MSMS y sus correspondientes Informatics MIAPE documents. En cualquier caso y aunque la primera vez cueste un poco de trabajo y de tiempo, supongo (ya te digo que no nos hemos puesto todavía) que una vez creado un MIAPE standard, luego el trabajo será mucho más sencillo y ocupará relativamente poco tiempo.
    Al igual que tu, opino que ya que PROTEORED (como Plataforma de Servicios de Proteómica) ha apostado por la mejora en la calidad de los servicios incluyendo en ellos una serie de Standars Internacionales, deberíamos integrar los documentos MIAPES en un periodo de tiempo más o menos cercano.

    By Anonymous Esperanza Morato (CBM), at martes, 8 de abril de 2008, 11:27:00 CEST  

  • Desde la Universitat de València pensamos que si que implica un mayor trabajo, que a veces es molesto pues vamos bastante saturados. No obstante estamos de acuerdo con tu reflexión, de hecho estos documentos són útiles "necesarios" para una buena publicación por lo que si no se hacen de rutina es un problema ya que el cliente no los pedirá igualmente y es mejor dejarlo todo acabado antes de empezar con otro servicio.

    ...

    De todas formas si que pretendemos seguir adelante con la iniciativa aunque implique un esfuerzo extra de trabajo. Lo dificil será explicar a los clientes que entiendan para que se emplea este tiempo extra ya que su analisis tardará un poco más en realizarse, pero eso ya es un problema con el que lidiamos de manera habitual.

    ...

    Nosotros en principio seguiremos generando documentos MIAPE, y supongo que todos los laboratorios de ProteoRed a partir de ahora, no???.

    By Anonymous Oreto Antúnez (UV), at miércoles, 9 de abril de 2008, 14:06:00 CEST  

  • Nuestra respuesta a tu pregunta es: Sí, lo incorporaremos en breve, solo falte que se enderecen un par de cosas que últimamente nos están dando dolores de cabeza y podamos dedicarle el tiempo necesario a la implantación de los MIAPE.

    By Anonymous Jesús M. Arizmendi (UPV), at miércoles, 9 de abril de 2008, 14:07:00 CEST  

  • Nuestra opinión coincide con la primera que propones:
    “es útil en determinados casos en los que el cliente requiere publicar el experimento y le van a pedir los datos de los MIAPEs en la revista. Hasta que no me lo pida, no crearé los MIAPEs correspondientes”
    El motivo que pensamos que no lo deberíamos hacer de formas sistemática para todos los experimentos es básicamente la falta de tiempo.

    By Anonymous Cristina Chiva (UPF), at miércoles, 9 de abril de 2008, 14:07:00 CEST  

  • Respecto a los MIAPEs, para nosotros son una buena herramienta, y pensamos implementarla de rutina en nuestro laboratorio (lo pida el cliente o no), la unica pega es que no tenemos tiempo para hacerlos.
    Hemos probado para DIGE y 2D, sin mayor inconveniente que el no saber exactamente donde estabamos y cuanto faltaba para acabar (con el arbol mejor). Para Masas todavia no hemos hecho nada por la misma cuestion, el tiempo. Pero estariamos de acuerdo en implementarlo como rutina , y si pudiese ser en un formato mas facil de completar (por ejemplo una tabla o algo asi) mejor, porque es mas facil de "ver" y asi ganamos tiempo, en lugar de estar yendo adelante y atras en la web.

    By Anonymous Maria Isabel Mora (CIMA), at miércoles, 9 de abril de 2008, 14:09:00 CEST  

  • Estoy de acuerdo contigo que al final vamos a tener que implantar el sistema MIAPE. Sin embargo, a mi parecer, es un poco farragoso todavia, con demasiados datos que dudo yo de su utilidad para los clientes, sobre todo si el conocimiento que tienen de proteomica es limitado (lo que implicaria tenerlos colgados al telefono continuamente). Seguramente seria mas interesante un documento donde se cuente el protocolo esquematizado general, no por partes. Quiero decir, un MIAPE de, por ejemplo, Identificacion de proteinas por PMF, y no uno de MS y otro de Software y otro de digestion, etc., pero con lo datos importantes. Algo enfocado a los servicios que se dan, no a las tecnicas individuales.
    Por otro lado, el hecho de que los MIAPES den mas calidad a los servicos, permiteme que no este de acuerdo. No creo que por dar un documento un servicio vaya a ser mejor o peor; si es cierto que los analisis son mas completos, pero de ahi a decir que es de mas calidad y que a lo mejor hay que subir los precios.... Pensad que lo que realmente de interesa al cliente son los resultados, no lo que viene adjunto.
    Total, que nosotros tenemos clientes que nos dicen que de momento no les mandemos nada, hasta que lo necesiten para escribir.

    By Anonymous Samuel Ogueta (UCO), at miércoles, 9 de abril de 2008, 14:12:00 CEST  

  • Respondiendo a tu pregunta, "¿Es viable (la aplicación de un MIAPE con cada experimento)?". Nuestra respuesta es:

    No, aunque sí creemos que es útil sólo en el caso en el que el cliente requiera publicar el experimento y le vayan a exigir los datos de los MIAPEs en la revista. Estamos dispuestos a implementar esta medida en el caso en el que el cliente lo solicitase entendiendo que ésto implica una tarea adicional a la de experimentación, análisis y redacción del informe de resultados; implicando un costo añadido al servicio abitual de análisis de muestras.

    Nosotros no entendemos que el aporte de un MIAPE sea un aporte en calidad al servico prestado, por lo cual hasta que no veamos claramente que esto es así no podemos actuar en función de la propuesta "Implementación de los MIAPEs a expensas de menos experimentos pero de mejor calidad". Pese a no ver claramente el beneficio de los MIAPEs a la hora de dar un resultado a nuestros clientes, tenemos claro que si Genoma España exigiera como un estandar de calidad la entrega de los MIAPEs junto con cada informe de resultados, pues tendríamos que buscar la forma de incorporar dicha medida de la manera más apropiada para que podemos seguir trabajando con la misma fluidez con la que venimos haciendolo hasta el momento.

    By Anonymous Sebastián Trejo (IBB-UAB), at miércoles, 9 de abril de 2008, 14:13:00 CEST  

  • Rosa Dégano, CIC Salamanca:

    En relación a la cuestión de si es viable realizar los MIAPE de cada experimento, al menos en estos momentos, no nos parece muy viable incorporarlo de forma rutinaria, ya que los usuarios realmente no están interesados hasta que no tengan claro que van a publicar.
    En cuanto al contenido de los cuatro documentos MIAPE, si es cierto que una vez que se han generado, es relativamente rápido generarlos al tomar los datos almacenados.
    Por cierto lo del arbol está muy bien y es muy cómodo para saber en que punto estás.

    By Anonymous Anónimo, at jueves, 17 de abril de 2008, 18:23:00 CEST  

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