jueves, marzo 06, 2008

Joaquín Abián dijo:

Los principales comentarios sobre el formulario:

  • El formato de relleno está muy fragmentado, demasiados links. Es fácil perderse dentro del árbol ya que no se tiene una vision global del conjunto. Además esa fragmentacion hace que por ejemplo para cambiar la molaridad de un disolvente en una MIAPE de 2d ya hecha, como mínimo hay que hundirse hasta 4-5 niveles (links) desde la hoja de partida. Esto debería ser inmediato.

Y hace el proceso lentísimo.

El formato debería ser más compacto o lineal (Una "form" única para cada MIAPE que puedas ver el documento completo sin tener que ir clickeando continuamente. De hecho el report final sí que contiene toda la informacion en una hoja. ¡No puede ser así tambien la FORM de entrada?.

Además, el formato actual hace difícil la automatización de la entrada de datos por los laboratorios con scripts de usuario que hagan de interfase entre la web y los documentos propios.

Sin embargo, los formularios sugeridos por el PSI para las MIAPES son "lineales", en realidad hojas excel mucho mas fáciles de rellenar. Nosotros estabamos trabajando con el formulario de PSI y es mucho más rapido y efectivo que el formato actual. Además, era posible automatizar la creación de documentos tanto de entrada y de salida con VBA y Perl o Python.

Una solución alternativa es que pudiera subirse la informacion en formato XML (ahora sólo se puede bajar) de forma que sería posible rellenar la documentación off-line con las herramientas propias del laboratorio y luego mediante un script meterlo en formato XML proteored y subirlo automaticamente al servidor...

Creo que en la reunion del WG4 ya se habían sugerido algunas de estas soluciones (como la utilidad del formato excel) pero yo insisto.

Bueno hay otros problemas difíciles de explicar que son evidentes cuando te pones con las manos en la masa a meter datos, por ejemplo:

  • puedes poner en un mismo formulario varias muestras con varios métodos pero no hay forma de decir que método corresponde a cada muestra y no hay ningún criterio para rellenarlo, así que cada laboratorio entenderáuna cosa diferente. Creo que este problema también existe en el formulario de PSI.
  • hay "idas" y "venidas" en el formulario poco lógicas (resultado de la fragmentación que te comentaba anteriormente) e innecesarias que podrian eliminarse, etc.

3 Comments:

  • Gracias, claro que me sirve. El que esté todo tan fragmentado responde a la idea de que a cualquier nivel puedas cargar datos antiguos. No creo que se pueda cambiar a una forma lineal como dices, aunque sí se puede implementar lo que dices de un sistema para leer un XML y que se lo trague la aplicación. Esto se va a hacer, pero no sé cuándo estará.
    Por otro lado, con respecto al tema de que se pierde la perspectiva de dónde se está o que para introducir un dato haya que hacer click en 4 o 5 páginas antes de llegar, se podría solucionar con un "navegador" el cual te mostrase el árbol con los elementos creados y no creados, los que puedes crear y los que no (por no tener el padre del elemento aún), y que pudieras acceder a cada elemento con un simple click.
    Salva.

    By Blogger ProteoRed, at jueves, 6 de marzo de 2008, 13:19:00 CET  

  • Joaquín dijo:

    El problema lo vi en la MIAPE de geles.
    Tu puedes adicionar varias muestras en el apartado 2

    Imagina muestras A,B,C

    Por ejemplo hacemos lo mismo con las tres muestras pero en la C se utiliza al final un tiempo de tincion mayor porque se trata de una muestra con menor cantidad de proteina (me lo estoy inventando).

    Para reflejarlo se preparan dos metodos en el apartado 3 que son gemelos excepto uno o dos parametros cambiados (realtivos a ese ultimo paso del tiempo). Nota: No se si es un uso correcto del formulario pero dado que sepuede hacer parece que esa seria la idea.

    Cuando emites el report queda constancia de que se han analizado 3 muestras con dos protocolos pero no que la muestra C se ha hecho con el protocolo 2.

    Cuando los dos protocolos son muy distintos, no hay problema en realidad son dos miapes distintas, pero cuando se trabaja con varias muestras de un usuario con un protocolo que presenta pequeñas variaciones que deben reflejarse pero que no justifica hacer dos grupos de muestras con dos MIAPES diferentes entonces aparece el problema. Algo similar ocurriria en espectrometria de masas cuando se secuencian peptidos y por ejemplo tienen que utilizarse diferentes rangos de barrido en diferentes muestras, o energia de colision, o cosas asi...


    En el formulario esto podria solucionarse si en el listado de las muestras apareciera una combobox/seleccion_desplegable donde se pudiera seleccionar el metodo correspondiente o una serie de checkboxes en linea (una por
    metodo) donde se pudiera checkear
    la variante del metodo general utilizada. Se supone que para un grupo de muestras no va a haber un numero muy alto de metodos, es decir que habria como maximo dos o tres opciones en una miape. En cualquier caso el numero de checkboxes deberia generarse dinamicamente...no se si eso es facil.

    Es resumen, para n muestras de un usuario con dos variantes del metodo, la entrada podria ser algo asi como (imaginate checkboxes para los metodos):

    Samples method 1 method2 method 3
    A X
    B X
    C X
    ...
    X X

    En el report se podrian agrupar las muestras segun la variante del metodo.
    Es dificil de explicar en el mail... Lo podemos comentar en la reunion. Yo no ire pero Marina y Montse si.

    By Anonymous Anónimo, at viernes, 7 de marzo de 2008, 17:33:00 CET  

  • Ya entiendo.
    La solución, en el MIAPE GE, sería incluir una referencia a la muestra en varios apartados como:
    - Direct detection (punto 4, tinción), como sería en el ejemplo.
    - Protocol (punto 3), o tal vez también en:
    - Electrophoresis Protocol (3.1.3)

    Habría que poner algo como en el apartado 3.1.2.4 (Sample application).

    En el caso del MIAPE MS, no lo veo muy claro ya que no existe un campo muestra como tal. Es decir, toda la información de configuración del espectrómetro de masas no tiene ninguna vinculación a ninguna muestra. ¿Tal vez haya que crearla?
    ¿Qué opináis?

    By Blogger Salvador Martínez, at lunes, 10 de marzo de 2008, 15:30:00 CET  

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